El complejo del Museo de la Evolución Humana comprende, además del edificio del Museo, el edificio del Centro Nacional de Investigación sobre la Evolución Humana (CENIEH) y el Palacio de Congresos, que incluye en su interior un auditorio para 1500 plazas, salas polivalentes y salas de exposiciones. Bajo el conjunto existe un aparcamiento de 1200 plazas.
El edificio del Museo alberga una exposición permanente en relación a los yacimientos de Atapuerca así como otras exposiciones de carácter temporal.
La zona de actuación del Museo de la Evolución Humana afecta urbanísticamente a la zona del paseo de la Sierra de Atapuerca. En dicho paseo se han creado nuevas zonas ajardinadas además de una fuente cibernética con múltiples surtidores y juegos de luces.
